Istoria șofranului nu este una foarte documentată. Mulți oameni cred despre Crocus Sativus că este o mutație a crocusului Cartwrightianus, o specie sălbatică originară din Grecia, care a fost selectata și domesticita în Creta la sfârșitul Epocii Bronzului. 

Grecii antici foloseau șofranul datorită calităților aromatice și proprietăților sale de a colora. Majoritatea populației din Grecia Antică avea părul negru și, deoarece, fără îndoială, culoarea lor preferată era auriul, foloseau vopsele galbene pentru a-și colora părul. Aceștia foloseau o combinație de flori de șofran și apă bogată în potasiu. Tot în Grecia s-au descoperit și fresce în care se arată cum se recoltează șofranul încă din 1600–1500 î.e.n., de exemplu în faimoasa frescă din palatal Knossos de pe insula Creta.  

Șofranul era deja cunoscut de către egiptenii antici. Faraonii îl foloseau pentru a da gust mâncării sau ca afrodisiac, dar și pentru a-și parfuma băile, casele și templele. La sfârșitul perioadei elenice din Egipt, Cleopatra folosea șofranul în băile sale, pentru a-i oferi mai multă plăcere atunci când făcea dragoste.  

În Persia antică, cultivarea șofranului a crescut în mod semnificativ. 

Acesta a fost cultivat în Derbena și Isfahan în secolul al X-lea î.e.n.. Acolo, firele de șofran persan au fost găsite întrețesute în anticele covoare regale persane și în giulgiuri funerare.

La sfârșitul anilor 500 î.e.n., șofranul s-a răspândit din Persia către estul Indiei. Acolo, după moartea lui Buddha, s-a ordonat ca robele clasei preoților budiști să fie mereu vopsite cu șofran. 

Până în 100 î.e.n., șofranul chiar începuse să fie exportat din Persia în China, împreună cu castravetele, ceapa, iasomia și viță de vie. Și Roma, bineînțeles, importa șofranul din Persia. 

În timpul căderii Imperiului Roman, cultivarea de șofran a fost adusă în Europa de către mauri, întâi în Spania, iar apoi în anumite părți ale Franței și în sudul Italiei.  

Pe parcursul secolului al XIV-lea, în timpul Morții Negre din Europa, cererea de șofran a crescut foarte mult, fiind folosit de victimele ciumei în scop medicinal. Deoarece mulți dintre fermierii ce erau capabili să cultive șofran au murit și ei în timpul Morții Negre, șofranul a început să fie importat de către vapoare venețiene și genoveze din insule mediteraneene, cum ar fi Rodos. O astfel de încărcătură, ce valora 420.000 € în ziua de azi, a fost furată de un grup de nobili, iar criza pirateriei de șofran ce a urmat a dus la „Războiul Șofranului” ce a durat 14 săptămâni și la înființarea în Basel a unui centru sigur de producție a acestuia, mult mai aproape.  

Mai târziu, centrul european de producție și comerț s-a mutat la Nürnberg, unde contrafacerile agresive ale șofranului au dus la implementarea codului Safranschou, sub care falsificatorii putea primi amendă, fi duși la închisoare sau chiar condamnați la moarte.  

Cultivarea șofranului a fost introdusă în Anglia în jurul anilor 1350,  povestea fiind că bulbii au fost introduși ilegal din Levant în compartimente special create în toiagele pelerinilor. Se pare ca recolta a fost crescută inițial în grădinile mănăstirilor în scop medicinal, fiind plantate în condițiile mai puțin prielnice ale câmpurilor deschise mulți ani mai târziu. Lumina, solurile bine drenate și argiloase și condițiile climatice ale zonei nordice de țară din Essex a făcut ca până în secolul XVI cultivarea de șofran să fie centrată în estul Angliei. Orașul Saffron Walden din Essex și-a primit numele după centrul de creștere și comerț de șofran, numele său original fiind Cheppinge Walden.  

Europenii au introdus șofranul in America atunci când membrii imigranți ai bisericii Schwenkfelder au părăsit Europa împreună cu un camion ce conținea cormuri. Membrii bisericii îl creșteau intens în Europa. Până în 1730, olandezii din Pennsylvania cultivau deja șofranul de-a lungul Pennsylvaniei de est. Coloniile spaniole din Caraibe au adus cantități mari din acest șofran american, iar cererea uriașă a făcut ca prețul șofranul pe bursa de mărfuri din Philadelphia,  să fie egal cu prețul aurului. Liniile de comerț cu Caraibe s-a prăbușit mai târziu în urma războiului din 1812, atunci când multe vase de comerț ce transportau șofran au fost distruse.  

Cuvântul șofran vine din cuvântul latin safranum prin intermediul vechiului termen francez safran din secolul XIII. Safranum, în schimb, derivă din cuvântul persan زعفران (za’ferân). Unii spun că acesta a venit și el din cuvântul arab زَعْفَرَان (za’farān), care și el derivă din adjectivul أَصْفَر (asfar, „galben”). Totuși, unii etimologi susțin că زَعْفَرَان (za’farān) este forma arabizată a cuvântului persan زرپران (zarparān) — „a avea stigmate de aur”. Latinul safranum este și sursa cuvântului italian zafferano, a portughezului açafrão și a spaniolului azafrán etc. Crocum în latină este un cuvânt semit împrumutat ce derivă din aramaicul kurkema prin cuvântul arab kurkum și cel grec krokos. 

În mitologia greacă, Smilax era o nimfă iubită de un muritor pe nume Crocus (Krokos). În unele versiuni ale poveștii, aceștia erau deja parteneri foarte apropiați, iar în altele Smilax nu se putea decide dacă ar trebui sau nu să accepte afecțiunea unui muritor. Indiferent de motiv, zeii erau supărați pe comportamentul acestora și l-au transformat pe Crocus într-o minunată floare mov care până în zilele noastre își poartă numele, în timp ce Smilax a fost transformată într-o tisă. 

Deoarece Crocus Sativus este un triploid steril și se poate reproduce numai prin bulbi, este foarte posibil ca acesta să fie una dintre cele mai vechi specii de bulbi care au fost vreodată cultivate. Este foarte interesant de știut faptul că bulbii de crocus sativus care se pot cumpăra astăzi au aceleași proprietăți ca și bulbii cultivați în Grecia Antică.